Aménagé en 1864, au rez-de-chaussée du pavillon intermédiaire construit sous Louis XV pour faire la jonction entre le Gros Pavillon et l’aile Louis XV, le « nouveau cabinet de travail de Sa Majesté » fait suite aux salons et au Musée Chinois de l’Impératrice Eugénie, inaugurés en 1863. Son installation venait confirmer le déplacement des lieux de vie des souverains vers cette zone du château pleine d’agréments en raison de son orientation au Sud, de sa vue sur l’étang et de son ouverture directe sur le jardin Anglais. Ce « nouveau cabinet de travail » servira à Napoléon III de 1864 jusqu’à son dernier séjour à Fontainebleau en 1868 et constituera pour lui un lieu de travail privilégié.
Après la chute du Second Empire, le cabinet de travail fut transformé en salle à manger pour les présidents de la République. À partir des années 1920, les Écoles d’art américaines occupèrent les lieux, avant que le directeur de l’INSEAD n’y installe son bureau pendant quelques années.
Comme les salons et le Musée Chinois de l’Impératrice dans les années 1990-91, le cabinet de travail de Napoléon III et ses pièces annexes ont été restitués dans l’état qui était le leur avant 1870.
Le coût de l’opération – 1 150 000 € – a été pris en charge par Crédit Agricole S.A., mécène du château de 2007 à 2009, le ministère de la Culture et le château de Fontainebleau.